The Binding of Isaac jest dwuwymiarową grą, będącą połączeniem strzelanki i roguelike, gdzie gracz wciela się w jedną z siedmiu dostępnych postaci. Ma za zadanie oczyszczać kolejne pokoje i przechodzić na coraz niższe poziomy, w których znajdują się coraz silniejsi przeciwnicy. Po pokonaniu bossa można przejść na niższy poziom. Wraz z postępami w grze bohater uzyskuje dostęp do nowych przedmiotów.